通过显微镜观察药用植物种子的显微结构，包括组织构造、细胞性状及内含物等。可以进行药用植物种子种间（不同种）和种内（不同品种）的鉴别，鉴定种子真伪。种子主要包括种皮、胚乳和胚三部分。种皮的构造因植物的种类而异，种皮显微特征最富有鉴别意义。可制作种子或果实组织石蜡切片、超薄切片或粉末切片，拍摄特征照片，分析鉴别特征。